Các đội tại mỗi bảng thi đấu theo thể thức vòng tròn hai lượt đi và về (sân nhà và sân đối phương) để tính điểm xếp hạng, chọn 4 đội vào thi đấu ở vòng chung kết gồm: 3 đội xếp thứ nhất ở mỗi bảng và 1 đội xếp thứ nhì có điểm và chỉ số cao hơn tại ba bảng. Hai đội xếp thứ sáu tại ba bảng mà có điểm, chỉ số phụ thấp hơn sẽ xuống hạng.

Tại vòng chung kết, 4 đội bắt cặp thi đấu loại trực tiếp một trận. 2 đội thắng sẽ thi đấu trận chung kết và được quyền thi đấu ở giải bóng đá hạng Nhất Quốc gia năm 2012.